Справочное руководство по MySQL

5.4.8 Недостатки создания множества таблиц в одной базе данных

Если в каталоге присутствует большое количество файлов, то операции открытия, закрытия и создания будут медленными. Выполнение значительного количества команд SELECT на большом количестве разных таблиц приводит к небольшим непроизводительным затратам при заполненном табличном кэше, поскольку для открытия одной таблицы требуется закрыть другую. Чтобы сократить эту перегрузку, следует увеличить табличный кэш.